След смъртта на Навополасар, Навуходоносор, който тогава се намирал или в Египет или в Юдея, побързал да се върне във Вавилон, като възложил на военачалниците си грижата, да доведат в Халдея пленените от Сирия, Юдея, Финикия и Египет, защото по думите на Берос, той бил покорил всичките тези страни. Той разпратил тези пленени в няколко поселения, и в храма на Вил, поставил свещенните съдове от Ерусалимския храм и другите скъпи користи. Йоаким Юдовия цар, останал за три години подвластен на Навуходоносор и тогава се разбунтувал, но след три или четири години, той бил обсаден и уловен в Ерусалим и тялото му, след като го убили, хвърлили на въздушните птици, съгласно с пророчеството на Еремия - Еремия 22гл.
Приемникът му Йоахин или Йехония Юдовия цар, като възстанал против Навуходоносор, последния го обсадил в Ерусалим, принудил го да се предаде, и го завел с чиновниците му в плен във Вавилон и него, и майка му, и жените му, и най-здравите Ерусалимски работници, общо десет хиляди души. Между тези пленници, бил и пророк Езекил. Навуходоносор пленил и всичките златни съдове, направени от Соломон за храма и царското съкровище, и поставил за негов наместник Матания, чичото на Йехония, когото нарекъл Седекия. Тоя последния, останал във вернопаданство на Навуходоносор девет години, и след този период, въстанал и се съюзил със съседните князе. Тогава, Вавилонският цар дошъл в Юдея, покорил по-главните места в страната, и обсадил Ерусалим, но понеже Фараон Вафрий идвал от Египет на помощ на Седекия, Навуходоносор отишъл да го посрещне, и го принудил да се върне назад в царството си. След това, той подновил обсадата на Ерусалим, и в единадесетата година от управлението на Седекия, (558г. преди Р.Х.), градът бил превзет, Седекия бил пленен и заведен пред Навуходоносор в Ривла, Сирия. Вавилонският цар го осъдил на смърт, накарал да убият челядта му пред очите му, и тогава му избол очите, оковал го с вериги, и го изпратил във Вавилон - 4Царе 24 и 25гл.; 2Летописи 36гл.
През царуването на Навуходоносор, Вавилонското царство и Вавилон, достигнали до върха на славата си. Навуходоносор, много се грижел да украси и накичи Вавилон, и той го имал за най-голяма гордост, да се хвали с този град. "Не е ли велик този Вавилон, който аз построих за столица на царството, с крепостта на силата си, и в чест на славата си?". Но Господ смирил гордостта му, като го обърнал в диво състояние, в което и останал до едно време, съгласно с пророчеството на Даниил. Виж Даниил 4гл. Един летопис, който бил намерен между развалините на Тигър, и който сега се пази в Източно-Индийския дом в Лондон, дава някои сведения за Навуходоносоровите постройки във Вавилон и в Борсипа. Като прекъсва изведнъж сказанието си, летописа казва, че царевото сърце се ожесточило против Халдейските астрономи. "Той не искаше да стори никакви благодеяния за работи от вярата. Той прекъсна служението на Меродах и жертвоприношенията. Той страдаше под действията на обаянието". За Навуходоносор се предполага, че е умрял в 562г. преди Р.Х., след едно царуване повече от четиридесет години.
Едно от най-славните дела, които се приписват на Навуходоносор, и за което несъмнено той най-много се е прославил, са били прочутите "висящи градини", за които казват, че той въздигнал от желание, да угоди на своята царицата Амита, на която сърцето копнеело да гледа възвишени горици, подобни на онези в отечествената й земя - Мидия. Направата на висящи във въздуха градини, в една равна страна, каквато е Вавилония, може да се постигне, само ако изкуствено се направи една планина; и за това царя издал заповед, да се направи такава една планина, четиристотин крака на дължина и на ширина, и повече от триста крака висока. Тогава, направили възвисени една над друга тераси, които се подпирали от редове прави стълбове, покрити с големи камъни, и с пластове от рогозки и смола и два реда камъни, които също били покрити с едно твърдо повлекло от свинец. Всичките тези тераси, после насипали с пръст, и насадили с дървета и цветя. Градините напоявали от река Ефрат, която течела под тях, с една машина отвътре. Тези градини, заемали само една малка част от широкия двор на палата, тъй като стената, която ограждала двора била шест мили в диаметър. Отвътре на тази стена, имало две други стени и една голяма кула, освен зданията, дворовете, градините, и пр., и пр. Всичките порти били медни, което се съгласява с езикът, употребен от Исая в пророчеството му, относно превземането на Вавилон от Кир - Исая 45:13. Вярва се, че развалините на висящите градини, се намират в широката неправилна могила, наричана Каср, на източната страна на Ефрат, седемстотин и тридесет метра на длъжина, и петстотин и петдесет на ширина. Кирпичите, които копаят от тази могила, са от добро качество, и на всичките се намира напечатано името на Навуходоносор.
Друга сграда от този монарх, е тази, на която развалините сега се наричат Бирс Нимрод, около осем мили на югозапад от гореспоменатите развалини. Виж Вавилон.
Изследванията на Сър Хенрик Ролинсон, са показали, че тази сграда е била изградена от Навуходоносор, върху развалините на една по-древна сграда. Тя се е състояла от шест отделни тераси (плоски насипи), всяка двадесет крака висока, и четиридесет и два крака по-малка хоризонтално от по-долната. На върхът й, се е намирало едно светилище и една обсерватория, които сега са се обърнали на една грамада от стъкловидно вещество. Всеки кат или всяка тераса, е била посветена на една особена планета, и боядисана с цветът на тази планета, който те имали за нея в астрономическите си карти. Най-долният кат, в чест на Сатурн е бил черен, а от другите, онзи на Юпитер гранив, на Марс червен, на Слънцето жълт, на Венера зелен, на Меркурий син. Светилището или храма е било бяло, и вероятно за Луната. В крайъгълните развалини, на тази съсипана сграда, скорошните пътешественици - изследователи, са намерили длъгнести валма (цилиндри) с клинообразни писания по тях, от името на Навуходоносор, които ни казват, че тази сграда се е наричала: "Степените на Седемте Сфери на Борсип", че по-старата сграда на същото място, била в разкапано състояние, и че движим от Меродах бога си, Навуходоносор я построил отново от тухли, и я направил великолепна, с жълто-капчести сини камъни, "без да промени местоположението й, или да развали планът в основата й". Това се случило, според същите надписи, петстотин и четири години, след направата на първата сграда от Теглат-фаласар I., (1100г. преди Р.Х.). Ако не е била положена на онова същото място, където е било местоположението на Вавилонската кула, спомената в Св. Писание, и храма на Вил, описан от Хиродот, тази сграда може да е била построена по същият план. Всяка една от тухлите й, носи и името на Новуходоносор. Борсипа, може да е било едно от предградията на древния Вавилон.